福州大学图书馆为特定专业读者提供针对性的专业服务，先后建立起七所学科分馆，分别为：
  建筑分馆：位于福州大学旗山校区建筑学院一楼，由2008年福州大学图书馆与建筑学院合作启动了建筑分馆，建筑面积315平方米，现有阅览座位54个，现有图书15020册、期刊44种，主要馆藏建筑史、建筑理论、建筑艺术、设计资料、规划资料、园林绿化等社会科学类图书与期刊，涵盖了建筑学院建筑学、城乡规划、风景园林三个专业，并涉及土木学院建筑结构、建筑施工等基础专业课程，馆藏书刊语言种类涉及英文、日文、德文等多种语言。馆藏资源专业对口、针对性强、数量丰富、品质价值高；
  经管分馆：位于福州大学旗山校区经济与管理学院一楼，由福州大学图书馆和经济与管理学院的携手合作建设了经管分馆，建筑面积约为390㎡，阅览座位百余个，收藏图书2万余册、期刊5000余册，周开放时间为54小时；
  铜盘分馆：位于福建省福州市鼓楼区软件大道89号福州大学图书馆铜盘校区内，综合类馆藏资源，位于铜盘校区教学楼B一、二楼；
  怡山分馆：位于福州市杨桥西路50号福州大学怡山校区至诚学院图书馆内，综合类馆藏资源，福州大学至诚学院图书馆前身是福州大学怡山校区图书馆，2009年1月正式从福州大学接管，并于2009年启动对图书馆装修改造，现已竣工。建筑面积约1.4万平方米，阅览与自修座位1200个。藏书总量约为923248万册，流通量约为40万册，纸质期刊报纸5000多种，共享福州大学图书 320万册；
  法学院分馆：位于福州大学旗山校区法学院一楼
  石化分馆：位于福州大学泉港校区石油与化工学院一楼
  厦门工艺美术学院分馆：位于厦门工艺美术学院图书馆一楼